SMP Muhammadiyah 5 Yogyakarta memiliki Laboratorium Komputer yang siap digunakan untuk Ujian Berbasis Komputer. Memiliki 2 ruang komputer yang siap menampung sekitar 55 siswa untuk kegiatan ujian berbasis komputer. Ruang lab komputer 1 bisa menampung sekitar 30 siswa dengan komputer yang standby diruangan. Sedangkan untuk ruang lab komputer 2 mammpu menampung 25 siswa dengan perangkat laptop mobile.
