Maksud dibentuknya Ekstrakulikuler Pleton Inti ini adalah sebagai wadah untuk menciptakan generasi bangsa yang dapat menjungjung tinggi nilai-nilai kebangsaan dengan menghormati Sang Saka Merah Putih sebagai wujud penghargaan atas perjuangan pahlawan dalam memperebutkan Kemerdekaan Negara Indonesia dan membentuk pribadi yang bersikap disiplin, gotong royong dan cinta tanah air (patriotisme). Tujuan dari Pleton Inti SMP Muhammadiyah 5 Yogyakarta ini adalah menyalurkan minat dan bakat siswa tentang PBB, dan menyiapkan petugas upacara bendera baik disekolah maupun tingkat kecamatan. Serta menumbuhkan sikap disiplin dari siswa. Untuk masuk dalam anggota Tonti di SMP Muhammadiyah 5 Yogyakarta melalui seleksi yang ketat. Pengampu Ekstrakulikuler Tonti ini adalah Bapak Bakti Iswahyudi dan dilaksanakan pada hari Rabu, pukul 14,15 s/d 15.45 di SMP Muhammadiyah 5 Yogyakarta unit 2.
