Kata “futsal” diambil dari bahasa Spanyol yakni “Futbol” yang maksudnya adalah sepak bola dan “Sala” yang maksudnya ialah ruangan. Sehingga, futsal bisa diartikan sepak bola yang dimainkan di ruangan. Ekstrakulikuler Futsal di SMP Muhammadiyah 5 Yogyakarta termasuk yang paling banyak diikuti oleh para siswa. Ekstrakulikuler futsal dilaksanakan siatiap hari Sabtu pukul 08.00 s/d 10.00 WIB di Lapangan Semar Futsal, pengampu Ekstrakulikuler futsal adalah Bapak Irvan Amin, S.Pd. Tim Futsal SMP Muhammadiyah 5 Yogyakarta sering mengikuti pertandingan persahabatan antara Tim Futsal dari sekolah lain di wilayah Yogyakarta.
