Dalam pengembangan potensi, minat dan bakat siswa dalam bidang seni salah satunya adanya Esktrakulikuler Seni Musik. Ekstrakulikuler ini diampu oleh Ibu Nadzar Khusnul Khotimah, S.Pd. Menurut David Ewen, seni musik adalah ilmu pengetahuan serta seni tentang pengkombinasian ritmik serta beberapa nada, baik vokal ataupun instrumen yang mencakup sebuah melodi serta harmoni sebagai ekspresi segala sesuatu hal yang ingin diungkapkan lebih dalam dari sisi emosional. Seni Musik yang diajarkan dalam Ekstrakulikuler di SMP Muhammadiyah 5 Yogyakarta ini adalah vocal, paduan suara, dan gitar.
Jadwal pelaksanaan Ekstrakulikuler Seni Musik pada hari Selasa jam 14.15 s/d 15.45 WIB di SMP Aula SMP Muhammadiyah 5 Yogyakarta Unit 2. Siswa yang mengikuti ekstrakulikuler ini dilatih sesuai bakat masing-masing, ada yang bernyanyi solo, vocal grub ataupun dalam menguasai alat music gitar. Siswa-siswi yang disiplin dalam berlatih dan siap untuk tampil dihadapan umum akan diikut sertakan dalam pementasan seperti tutup tahun dan acara penting sekolah maupun pementasan diluar kegiatan sekolah.
Prestasi yang pernah diraih dalam Ekstrakulikuler Seni Musik ini adalah pernah meraih Juara I Nasional dalam Lomba FLS2N SMP dalam bidang Gitar Duet Clasic di Banten pada 15-21 September 2019. Semoga masing-masing bidang solo vocal maupun paduan suara bisa terpacu semangatnya untuk disiplin dalam berlatih agar bisa meraih juara dalam ajang perlombaan FLS2N.
